全球首证 | 杰毅生物鹦鹉热衣原体试剂盒正式获批上市！

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最新消息，杰毅生物自主研发的鹦鹉热衣原体 (Cps) 核酸检测试剂盒 (PCR-荧光探针法) 通过国家药监局审核正式获批中国医疗器械注册证！注册证编号: 国械注准 20243402506。

致病性高，鹦鹉热感染逐年上升！

鹦鹉热（psittacosis）又称 “鸟疫”（ornithosis），是一种由鹦鹉热衣原体（Chlamydia psittaci， Cps）感染引起的人畜共患疾病。作为自然疫源性疾病，鹦鹉热主要在各种鸟类或禽类之间传播，亦可通过呼吸道以空气或气溶胶形式感染人类，或通过排泄物感染人类皮肤、黏膜和消化道，导致社区获得性肺炎（CAP）。据统计，Cps 占总体社区获得性肺炎（CAP）病例的 1%，在我国重症 CAP 患者中检出率约 8.0%。

鹦鹉热衣原体在全球许多国家、地区都有发现，且随着动物迁徙、宠物鸟类饲养的增加，发病率也呈逐年上升趋势。从事鸟类或禽类相关工作或饲养人员以及鸟类爱好者，接触鹦鹉热患者的人群，都是鹦鹉热感染的高危群体。鹦鹉热肺炎一年四季均有发病，秋冬季发病率升高。秋冬季节是候鸟迁徙的季节，候鸟在迁徙期间更容易患病，更易与家禽发生交叉感染。

“肺炎” 为典型症状，易被误诊！严重可危及生命

鹦鹉热感染者的临床表现以呼吸系统症状为主，典型症状包括高热、畏寒、咳嗽、纳差、乏力、头痛、肌肉酸痛、呼吸困难和肺部浸润性病变等，严重者可导致急性呼吸窘迫综合征、感染性休克或多器官功能障碍。然而由于鹦鹉热临床表现的非特异性，容易造成误诊或漏诊，且临床工作中通常仅在重症患者中进行 Cps 检测，导致该疾病的诊断率被低估进而延误治疗。Cps 感染患者病死率约 1%，但未及时治疗的重症患者病死率可达 15%~20%。因此，鹦鹉热患者的早期诊断和针对性治疗对于改善疾病预后、降低重症患者病死率具有重大意义。

专家共识：首推 PCR 方法进行病原学检测

《鹦鹉热诊疗中国专家共识》提出：
鹦鹉热的临床表现缺乏特异性，当患者有发热和/或呼吸系统症状表现且具有相关鸟类或禽类接触史时，应重点针对 Cps 进行筛查和诊断，提早干预从而防止 Cps 经血播散累及其他器官/系统。
对于疑似鹦鹉热患者，首先推荐采用核酸检测方法，如 PCR 进行病原学检测；当不具备核酸检测条件时，推荐使用血清学抗体检测方法进行病原学检测。

杰毅生物鹦鹉热衣原体核酸检测试剂盒

助力鹦鹉热感染早期精准诊断

面对鹦鹉热的流行趋势及临床诊断难题，杰毅生物自主研发推出鹦鹉热衣原体 (Cps) 核酸检测试剂盒 (PCR-荧光探针法)，基于荧光定量 PCR 技术，采用荧光定量 PCR 探针法，针对鹦鹉热衣原体外膜蛋白的 ompA 基因保守区域设计特异性引物和荧光探针用于鹦鹉热衣原体核酸的检测。具备快速、精准、便捷可及等优势，助力医院，疾控等各级医疗卫生机构对疑似鹦鹉热感染人群进行早期快速筛查，精准鉴别诊断。

根据杰毅生物病原大数据，以下人群推荐进行鹦鹉热衣原体筛查：

鹦鹉热推荐筛查高危人群
1）45 岁及以上中老年人；（男性> 女性）
2）鸟类（如鹦鹉）、禽类接触史；
3）免疫功能低下患者；
4）怀疑社区获得性肺炎患者；
5）临床表现高热、畏寒、咳嗽、乏力、头痛及肌肉酸痛等症状患者；6）肺部影像表现出浸润性病变、需要与流行性感冒、伤寒、其他病原体肺炎进行鉴别诊断的患者。

媒体专访 | 感染病原基因检测有多快？13 小时，还能更快！

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近日，杭州市余杭区融媒体【蹲点百企换新力】栏目记者对杰毅生物进行了专访，以下为 “看余杭” 新闻报道。

鹦鹉热，一种曾经被定义为罕见病的感染性疾病，这两年逐渐被大众熟知，并被广泛科普。记者来到位于良渚生命科技小镇的杭州杰毅生物技术有限公司（以下简称 “杰毅生物”）时，检测人员正在对刚从医院取回来的标本进行检测。
“杰毅生物” 针对鹦鹉热全新研发出来的一款靶向检测试剂盒，即将在今年年底拿到三类医疗器械注册证。对于疑似社区获得性肺炎且有禽类接触史的不明原因发热患者来说，用鹦鹉热试剂盒做一个简单的检测，就能够在 2 小时内轻松排查是否存在鹦鹉热隐患。这一曾经在临床上极难被判断的感染性疾病，就这样轻松找到了解决方式。
说它难判断，原因有二。客观上来说，鹦鹉热的病原体难以在体外成功培养，对于临床医生而言，很难借助培养实验判断患者是否感染的是鹦鹉热；主观上来说，不少患者很难判断自己是否有禽类接触史，鹦鹉热衣原体可通过空气或气溶胶传播，从实际病例来看，即便只是与鸽子粪共处一室，都有感染风险。
研发强针对性的靶向检测试剂盒，杰毅生物用到的是荧光定量 PCR 这一核酸检测金标准技术。但选取哪些病原体作为检测靶标，可不是拍拍脑袋就做决定，而是基于 “杰毅生物” 过去几年积累的庞大的病原体基因检测大数据。
作为国内最早一批接触高通量测序（NGS）的研究人员，“杰毅生物” 创始人王珺在 2019 年成立企业时，就将 “让每位感染患者第一时间得到精准诊疗” 作为企业愿景。“感染性疾病是一类非常常见但死亡率居高不下的疾病，有时从感染到死亡仅仅几天甚至几个小时。以往我们的治疗非常依赖医生的经验，但在面对一些无法进行体外培养或培养时间很长、培养成功率很低的病原体时，无论是花费大量的时间去培养还是凭经验使用抗生素，本质上都是在拼概率。一般培养病原体需要 3-4 天，医生尝试各种抗生素也需要一定周期来看效果，往往病原体还没培养出来或是还没找到合适的抗生素，患者已经错过了最佳治疗时机。” 说起曾经在临床见到的一个个鲜活案例，王珺的语气中充满了叹息。
在王珺看来，治疗感染性疾病是在与死神抢时间，不能靠猜，更不能等，唯一的解法是，精准、快速地找到病原体！于是，一套针对病原体高通量测序的 NGS 流水线式自动化全流程解决方案应运而生。
“通过这套设备，从标本到报告，仅需 13 个小时就能得出所有核酸结果，且检出阳性率达到 90% 以上。‘杰毅’ 的病原 NGS 检测在过去几年已经累计做了 40 万人份，医生拿到报告知道患者的感染源是什么，就能立马切换治疗方案，进行精准治疗。” 王珺说。
目前，“杰毅生物” 通过自动化、人工智能等技术极大提高了病原 NGS 检测时效性，13 小时的速度也已经领跑行业。但在王珺看来，这个速度还不够快。“ICU 中有一种脓毒性休克，抢救时效仅有黄金 6 小时。超过 6 小时后，每晚一个小时，死亡率上升 6.6%。” 王珺说，“面对争分夺秒的感染性疾病，公司成立之初就在不断精进自动化技术水平，招聘的第一个员工就是做自动化的。经过自研技术的不断升级和打磨，相信不久的将来，病原 NGS 检测时间有望实现从 13 小时到 6-7 小时的飞跃。”
当然，要实现病原体的快速鉴定，检测实验是一部分，精准识别病原体是另一部分。“杰毅生物” 拥有包含 35000 余种病原体的庞大数据库，几乎覆盖人类目前已知的所有致病的病原体的基因组序列；同时，早在 2019 年企业就与阿里达摩院展开合作，用人工智能进行快速计算，可以做到几十 G 的数据在测序结束十分钟内全部完成分析。基于此，检测完成后生成的测序数据才能在极短时间内生成病原体检测报告。
公司多年来持续投入升级病原 NGS 检测解决方案，除了帮助感染患者之余，王珺还有更深层的考量：“每一次检测都会累计一次数据，通过一次次分子检测，病原谱将越来越庞大且精准。一来，正如我们发现鹦鹉热近年来越来越高发，并非罕见病，基于病原谱，我们可以研发各种靶向试剂盒；二来，随着检测的常态化，通过数据走势更能预判流行病可能在什么时候发生；此外，测序可以精准了解每一个病原体的基因组序列，以此为基础可以知道病原体的来源及耐药信息。我相信这几点在未来都将对医学发展带来很大的帮助。”

来源|看余杭

查看视频报道：https://yh.eyh.cn/article/0f73564a-83e2-48f7-906c-dc834c00f7ef.html?timestamp=1733152915416

满分！杰毅满分通过 NCCL 中枢神经系统感染 mNGS 室间质评

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最近，国家卫生健康委临床检验中心（NCCL）公布了 2023 年全国中枢神经系统感染宏基因组高通量测序室间质量评价预研活动结果。杰毅生物旗下杭州杰毅医学检验实验室、重庆基拯医学检验所 2 家医学检验实验室，以及基于杰毅 Q-mNGS™检测技术平台的多家医疗机构均以满分成绩顺利通过本次室间质评！

脑脊液 mNGS 已经成为 CNS 感染病原学鉴定的重要实用技术。本次国家卫生健康委临床检验中心组织的全国中枢神经系统感染宏基因组高通量测序室间质量评价预研活动，从检测分析敏感性、特异性等多个方面考核了国内 mNGS 实验室检测常规脑脊液标本中病原微生物的能力。

图 1. 实验室成绩分布

基于评分方法，本次提交有效结果的 127 家实验室所得成绩分布如下：100 分的实验室 45 家，90~99 分（含 90 分的实验室 60 家，低于 90 分（不含 90 分）的实验室 22 家。按照≥90 分为合格的标准，合格率为 82.7%（105/127）。

杰毅生物专注病原 NGS 领域，面对中枢神经系统感染病原多样，诊断困难等挑战，自研打造了高效破壁技术，提升结核分枝杆菌、真菌等难破壁微生物的检出率。采用正向广谱富集显著提升检测灵敏度与时效性，PCR-free 建库等技术降低背景微生物污染风险。基于行业领先的病原微生物基因数据库，mNGS 检测覆盖 35257 种病原体、60 种耐药基因和 78 种毒力基因，在 13 小时内完成相对定量检测，实现中枢神经系统感染病原体精准鉴别。

依托精准化、智能化和自动化的 Q-mNGS 宏基因组检测解决方案和严格的质量管理体系，杰毅旗下医学检验实验室在过去 3 年连续多次以优异成绩通过全国血液微生物 cfDNA mNGS 室间质评、全国下呼吸道感染 mNGS 室间质评等国家卫生健康委临检中心发起的多项室间质评活动，彰显出高度标准化的 mNGS 检测能力和稳定成熟的实验室管理水平。在本次 NCCL 室间质评的指导下，杰毅将持续推动更规范地开展脑脊液 mNGS 并解读检测结果，提升 mNGS 在 CNS 感染中应用的精准性。

会议快讯 | 杰毅 NGS 流水线全流程方案亮相全国病原高通量测序临床规范化应用培训班

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为保证 NGS 检测临床应用的有效性，要求实验室在 NGS 的方法学建立 (自建检测)、性能确认以及质量保证各环节中必须规范化和标准化，中国医学装备协会基因检测分会于 2024 年 5 月 23~26 日在福建厦门市成功举办了 “第二期全国病原体高通量测序临床规范化应用培训研讨班”。

本次培训班采用了培训+研讨的模式，中国医学装备协会基因检测分会会长、国家卫健委临检中心首席专家李金明教授团队，多位全国知名医院病原 NGS 应用专家以及来自全国各地病原体 NGS 方法建立和质量管理负责人深度参与了本次高水平、高规格的学术活动。杰毅生物携 NGS 流水线全流程方案参与本次会议，其中新升级的自动化建库方案因其 “流水线自动化式” 建库的设计理念吸引了多家医院检验科专家的关注。

会议期间，我们与全国各地 NGS 检验领域的专家老师们进行了深度的交流，学习并探讨 NGS 院内应用方法学建立的要领，交流实验全流程标准化的实践经验，认真聆听来自病原 NGS 一线用户的真实需求和期望，从而进一步提升产品和交付体系，努力推进病原 NGS 应用标准化的提升。

三度蝉联，杰毅生物再登《杭州独角兽与准独角兽企业》榜单

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2024 年 4 月 24 日下午，由民建中央、中国科协指导，民建浙江省委会、中国投资发展促进会联合办的第八届万物生长大会在杭州举办。会上，杭州市创业投资协会联合微链共同发布了 《2024 杭州独角兽&准独角兽企业》榜单。杰毅生物自 2022 年起连续三年荣登杭州准独角兽企业榜单，为杭州这座活力之城持续注入医疗健康的创新力量。

据悉，截至 2024 年 4 月，杭州共有 43 家独角兽企业（估值不低于 10 亿美元），准独角兽企业 382 家（估值不低于 1 亿美元）。其中 “专精特新” 企业与准独角兽和独角兽企业群体高度重合，具有高成长性和强创新能力。

杭州杰毅生物技术有限公司是一家专注于感染性疾病分子诊断的高新技术企业。公司聚焦感染疾病精准诊疗领域，布局高通量测序（NGS）和基因编辑（CRISPR/Cas）两大前沿技术平台，拥有 100 多项发明专利等自主知识产权，搭建起了多层次，高品质的产品线及服务体系。

自成立起，杰毅生物在学术科研、产品开发和应用等方面持续加大投入，深耕分子检测自动化、数字化、智能化的创新技术，构建起了新质生产力，推出了覆盖普通感染、中重度感染、急危重症及复杂感染等全场景化的创新分子诊断整体解决方案，与全国多家医疗卫生机构建立起了紧密合作关系。公司于 2023 年被认定为国家级专精特新 “小巨人” 企业、杭州市余杭区准独角兽企业，浙江省级高新技术企业研发中心等。
杰毅生物将秉承 “让每位感染患者第一时间得到精准诊疗” 的愿景，坚持价值创新锻造企业竞争力，引领医疗健康行业高质量发展。

病原宏基因组高通量测序临床本地化检测规范专家共识

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中国药师协会, 中华医学会细菌感染与耐药防治分会, 国家卫生健康委临床抗微生物药物敏感性折点研究和标准制定专家委员会.

DOI:10.3760/cma.j.cn112150-20230720-00019

实验室自建检测（laboratory developed test，LDT）是指实验室自行研发、确认，仅限于本实验室使用的检测技术 ［1］。近年来，随着检测技术的创新和发展，一些前沿技术如基因测序、质谱分析和流式细胞术等快速从基础研究向临床转化，并展现出良好的应用前景。美国已将体外诊断（in vitro diagnostics，IVD）新技术纳入 LDT 模式管理 ［2］。我国 2016 年《国家卫生计生委办公厅关于临床检验项目管理有关问题的通知》提出，对于未列入《医疗机构临床检验项目目录》，但临床意义明确、特异性和敏感性较好、价格效益合理的临床检验项目，应当及时论证，满足临床需求 ［3］。2021 年国家药品监督管理局发布的《医疗器械监督管理条例》中指出，对国内尚无同品种产品上市的体外诊断试剂，符合条件的医疗机构根据本单位的临床需要，可以自行研制，在执业医师指导下在本单位内使用 ［4］。宏基因组高通量测序技术（metagenomic next-generation sequencing，mNGS）可以不基于假设、无偏倚地检测疑似感染患者标本中的病原微生物，扩大病原体检测种类，缩短检测时间，提供可用于患者诊断、制定治疗方案的关键信息，有效提升感染性疾病的诊疗水平，助力抗菌药物合理应用 ［5］。mNGS 还有助于解决新发、罕见、疑难病原体的漏检问题 ［6,7,8,9］。但 mNGS 覆盖病原体种类多、临床验证难度大、验证周期长，使得常规 IVD 产品注册较为困难。为满足临床需要，本共识将在实验室符合国家相关政策法规以及保证检测方法性能可靠的前提下如何在本地开展 mNGS 检测提出具体指导意见。

01 mNGS 实验室建设基本要求
Basic requirements for the construction of mNGS laboratory
实验室结构布局和环境条件
mNGS 在实验环节中根据是否使用聚合酶链式反应（polymerase chain reaction，PCR）构建文库，可分为 PCR 建库与 PCR-free 建库两大类型，两者在实验室空间要求上有所差异。PCR 建库中采用通用引物对文库核酸分子进行扩增，核酸产物浓度较高，对产物的后续操作（加热、震荡、离心、混匀、移液）可能产生气溶胶，易造成实验室环境和其他文库的污染，从而产生假阳性结果。因此，基于 PCR 建库的 mNGS 实验室宜参照《医疗机构临床基因扩增管理办法》［10］ 相关要求，在符合 PCR 要求的实验室中开展，防止核酸扩增产物造成的实验室污染。

基于 PCR-free 建库的 mNGS 实验可在同一个空间内设置试剂准备区、标本处理区（配备生物安全柜）和建库测序区（PCR-free 建库、文库纯化、等量混合、上机测序）。PCR-free 文库浓度可能低于 Qubit 荧光定量仪的检测限，建议使用荧光定量 PCR（quantitative polymerase chain reaction，qPCR）方法进行文库浓度测定。虽然基于 PCR-free 建库的 mNGS 实验在文库定量前实验操作不存在 PCR 扩增建库所带来的气溶胶风险，但仍然需要警惕人员操作等带来的气溶胶污染可能性，并在一个相对独立的空间进行 qPCR 法文库浓度测定。

生物安全防护
mNGS 所检测的微生物涉及范围广泛，实验操作应该在具备至少生物安全二级（biosafety level 2，BSL-2）资质的实验室中进行，并按照生物安全相关要求进行操作。如果处理可疑高致病性病原体的标本，须满足更高要求的行业标准和规范的要求 ［11］。

设备设施
mNGS 实验设备和器材应能满足湿实验、干实验和质量控制需求。由于 mNGS 相较传统 PCR 有更高的病原体覆盖范围和防污染要求，在保证实验质量的前提下优先采用经性能确认的封闭式自动化设备代替部分人工操作，有利于避免实验过程中来自操作人员和实验室环境中的微生物或其核酸造成的污染。

人员配置
根据每天处理的标本数量，实验室应配备具有相应专业背景并能满足需要的工作人员，包括：

（1）湿实验应由具备分子生物学检验专业技能的人员，如分子生物学检验专业检验技师操作；

（2）干实验需要配备生物信息研发及管理人员，以保证分析流程、持续更新、性能确认、维护及管理 ［12］；

（3）结果审核应配备具有临床感染病学相关知识的微生物检验医师。针对疑难报告，建议成立 mNGS 报告解读团队，由具备临床感染病学、临床微生物检验学、临床分子生物学、生物信息学等相关专业知识的人员组成。所有人员均须通过岗位相关的培训和考核，并进行定期能力评估方能上岗。

方法学选择
实验室在正式开展实验前应对 mNGS 的全流程检测方法进行选择和性能确认，特别对影响检测结果的核心要素，包括但不限于标本核酸提取方法、是否去宿主核酸以及去宿主核酸方法、是否富集微生物核酸以及富集方法、建库方法、测序方法、最小测序数据量确认、生物信息分析算法、数据库选择、背景核酸识别方法、新发病原体识别方法等，以满足方法符合率、交叉反应、精密度、准确度、检出限、抗干扰能力（如针对高人源标本）、稳定性等性能参数的要求。实验室要进行严格的筛选和充分的数据验证，以求得到最佳的临床检测效能。经确认的检测方法和实验参数需要进行标准文件化管理，并由实验室的技术质量负责人和项目负责人共同确认后实施。项目负责人负责 mNGS 项目的立项、研究、验证、制备等运行管理工作，技术质量负责人负责 mNGS 项目的研究、质量管理体系的建立和运行、产品放行等工作。方法学参数如有变更需进行验证后再应用于临床标本检测。

02 湿实验流程搭建
Construction of wet experiment process
湿实验流程是指对待测标本进行前处理、核酸提取、文库构建、高通量测序，以获得核酸测序数据的实验室操作环节。湿实验流程按操作方式分为手工操作和自动化操作。在引进自动化设备时需要使用与之配套兼容的湿实验试剂和流程，经性能确认合格后使用。根据检测病原体核酸的类型，实验室可分别建立脱氧核糖核酸（deoxyribonucleic acid，DNA）和核糖核酸（ribonucleic acid，RNA）湿实验流程。

标本前处理
为提高 mNGS 检测的敏感性，可考虑在标本前处理过程中对病原体或其核酸进行富集，可选择正向富集法与反向富集法两类。正向富集法以 PCR 富集和探针捕获为代表，属于核酸提取后的富集方式。反向富集法即去宿主技术，包括差速离心、差异化裂解、甲基化抗体处理等流程 ［13］。病原核酸富集需要结合标本类型、项目预期用途综合考虑检测性能、成本、操作时效性以及对目标病原体可能造成的损失和偏好性，在开展性能确认后再予以使用。

核酸提取
核酸提取分为核酸释放与纯化两个主要步骤。核酸释放方法包括物理法（机械研磨、超声破碎等）、化学法（十六烷基三乙基溴化铵法或十二烷基磺酸钠法等）、酶裂解法等，不同方法的核酸释放效果有差异。实验室需要综合考虑不同方法对不同病原体核酸的释放效果，寻找最佳平衡点保障核酸提取的效率。以物理释放法为例，破壁强度的提升能提高胞内菌和真菌等病原体的裂解效率和核酸得率，但可能会破坏病毒核酸和游离 DNA（cell-free DNA，cfDNA）［14］。在使用物理方法时，破壁时长（循环次数）、破壁强度以及微珠材质和粒径都是应考虑的因素。为提升释放效果，可采取物理、化学、酶解等多方法联合使用。在物理破壁完成后，增加十二烷基硫酸钠和蛋白酶 K 的孵育，可达到充分裂解、释放核酸的目的 ［15］。核酸纯化一般采用磁珠法或柱法两种 ［16］，建议对纯化后的核酸浓度、纯度进行测试以满足后续建库的要求。

核酸提取和纯化若使用手工操作，应考虑不同标本类型的差异、不同核酸提取试剂盒的提取效率、纯度以及片段大小等因素；若使用自动化核酸提取仪系统，需要综合考虑检测通量、自动化程度、成本、核酸质量等因素。

文库构建
DNA 文库构建主要分为 TA 连接法建库与转座酶建库。RNA 文库构建与 DNA 相比，最主要的差异在于逆转录步骤，在保证建库稳定性的前提下可考虑去除人核糖体 RNA（占总 RNA 比例约 85%~90%）以提高 RNA 病毒的检测敏感性。建库方法可分为手工法建库和仪器自动化建库，实验室在选择方法前需对核心技术环节（如标签、接头的连接）质量进行评估，主要质量指标包括单/双标签测序，连接效率等。此外还应考察建库前核酸投入量的下限和上限，确保取得的文库在核酸插入片段的大小分布上满足所使用的高通量测序仪、测序模式和读长，以及后续生信分析对片段大小的要求（常见要求为插入片段 50~500bp，主峰集中在±100bp），以避免过度片段化或片段化不足的情况。

高通量测序
测序仪与配套试剂、耗材通常为封闭一体化设计。实验室按照所选购设备的操作说明书进行相关操作。在选择测序仪时，要综合考虑兼容性、测序通量、测序时间、碱基判定的准确性、成本等因素。为降低标签跳跃带来的假阳性，宜使用双标签测序模式。

03
干实验流程搭建
Construction of dry experiment process
干实验流程是指对测序数据进行生物信息学分析及结果审核和报告的过程。

搭建模式、数据存储与传输
mNGS 生物信息分析涉及算法、软件和数据库，需要基于临床预期用途及可能的日常检测标本量计算所需要的服务器性能，保证下机数据能够在预期时间内完成分析。如有条件，建议实验室优先使用本地服务器进行数据的存储和管理，数据存储、访问、下载、分析等均应符合国家对医学数据管理的要求。若选择云端分析系统 ［17］，由于测序数据中含有患者的遗传信息，需要与服务提供商针对数据访问、使用、披露、中止、修改的权限与机密性达成书面协议 ［18］。实验室必须确定数据存储的数量、媒介、位置和储存时限，数据的传输过程中应设置只读访问，防止被篡改。

干实验流程搭建步骤与建议
原始数据的存储与传输

实验室应确定原始测序数据及 FASTQ 文件在服务器上存储的位置，并明确具备唯一标识的统一命名，便于数据调用与快速分类查找。文件命名建议包含数据检测/分析日期、检测实验室名称、标本类型、测序批次、唯一的标本编码等。命名规则一旦确定不得随意改动。

数据预处理

实验室可通过 FASTQC［19］ 和 MultiQC［20］ 等软件查看测序数据质量、总数据量、碱基质量值（Q20 和 Q30）等，结合测序芯片泳道上生成的簇密度设置质控点（如簇密度是否偏离有效范围，碱基识别质量值≥Q30 的数据比例是否偏低）判断本批次数据能否用于后续分析。数据过滤规则可根据实验室对 mNGS 检测的敏感性和特异性需求进行调整，建议设置 Q30 碱基数量占比>75%、有效序列长度不小于 50bp、含 N 碱基比例小于 10% 等参数阈值。

过滤宿主序列

为了提高微生物数据的分析时效性，需要去除测序数据中的宿主序列，通常方法是把比对到人类基因组的序列进行过滤。真菌和寄生虫与人类的基因组序列有一定的同源性，在过滤宿主序列的过程中需要评估运行时间、去除效率与非特异性去除（非人源序列而被错误过滤）的序列比例。

物种注释

物种注释是病原宏基因组检测最核心的内容之一，主要是将通过质量控制的非宿主序列与微生物参考数据库比对，或者经过从头组装成 contigs/scaffolds 后再比对到微生物参考数据库，确定在特定序列相似性阈值（如≥97%）下的物种分类级别。物种注释的准确性取决于所选注释工具的敏感性和特异性、算法阈值的合理性、参考数据库的完整性及其纳入微生物基因组的准确性 ［12］。目前可用的注释工具分为三类：

（1）DNA-to-DNA 比对工具；

（2）DNA-to-Protein 比对工具；

（3）基于特征标记基因的比对工具。有研究表明，利用相同的模拟数据集测试不同的宏基因组学分类工具，发现不同的分类工具识别的物种数量可能相差 3 个数量级以上 ［21］。在 mNGS 中，DNA-to-DNA 工具往往比 DNA-to-Protein 工具能够更好地进行物种分类 ［22］，但 DNA-to-Protein 工具在识别新发和高度可变的基因序列时敏感性更高 ［23］。而在以注重物种丰度的微生物组学分析中，则推荐使用基于特征标记基因的比对工具 ［24］。

总之，实验室在选择物种注释工具时，应基于检测的预期用途，从运行速度、准确率、精确率、召回率等维度评估性能 ［17］。实验室可使用近缘物种的基因序列对分析软件的物种注释功能进行评估，另外在数据库或分析算法有变更时，以及定期对本实验室的 mNGS 物种/基因注释功能进行评估。

参考数据库

微生物参考数据库的选择显著影响物种注释分类的结果 ［25,26］。《宏基因组测序病原微生物检测生物信息学分析规范化管理专家共识》［17］ 中对 mNGS 常用微生物数据库的特征有较为详细的描述。目前没有任何一个公共数据库能够包含所有的潜在人类病原体的基因组信息（假阴性风险），且数据库中不可避免地存在一些注释错误或污染的序列（假阳性风险）［27］。因此在构建、使用和管理这类数据库时需要重点关注以下问题：

（1）充分评估数据库的全面性以及纳入物种在分类学上的代表性。同一微生物，往往具有遗传差异的不同亚型或株，在选择基因组时，应该考虑到微生物的遗传多样性，尽可能多地纳入不同亚型或株的高质量基因组；

（2）无论所选参考基因组的来源如何，实验室都需要通过重测序或其他技术手段确认其注释的准确性，序列的完整性，避免纳入错误注释、命名错误或代表性不足的微生物序列；

（3）病原体（尤其是 RNA 病毒）在自然状态下是不断发生变异的，所以需要及时（或定期）对参考数据库中的基因组信息进行更新及验证 ［28,29］，更新的频率取决于实验室或临床的需求，以及序列在公共数据库中的上传或更新时间 ［28］；发生可能影响结果的数据库修改、替换及更新等活动均需要重新进行评估；建议实验室每年对微生物数据库进行审核，必要时随时进行更新。但是对于使用本地化服务器的实验室，构建的数据库大小需要权衡服务器的计算能力以及报告的时效性要求。

读长归一化

mNGS 检测到的微生物常以读长数作为结果，但它受测序量、标本质量等因素的影响，并且同张芯片不同文库分配的下机数据量会有波动，所以有必要对读长进行归一化处理 ［30］。建议将每百万测序读长中匹配到某一微生物基因组的特异读长（reads per million，RPM）作为归一化指标 ［30］。如果希望比较不同微生物在同一文库中的读长，则还需考虑微生物基因组大小不同带来的差异（理论上，在相同条件下，基因组越长，测得的读长越多），建议通过计算每百万测序量下每一千个碱基的基因组长度的归一化读长来消除这种影响 ［28］。需要注意，由于 mNGS 检测原理不同于 qPCR，RPM 不能作为微生物核酸的定量指标。

版本控制

由于缺乏标准的 mNGS 生物信息学分析方案，各实验室自建分析流程内部使用的分析软件与数据库处在不断更新、确认及完善的动态过程中。为了保证每批次临床标本结果的可溯源性及可重复性，实验室需要明确每一次测试所使用的软件及数据库的版本，建议在报告单中体现，至少应包括分析日期、软件名称和版本号、对每个组成工具及算法的用户自定义参数和系统默认值等 ［28］，可使用版本管理工具如 Conda 完成 ［31］。此外，可使用流程管理工具如 Snakemake 和 Nextflow 等对整个工具集进行版本控制。

04
mNGS 的性能确认
Performance confirmation of mNGS
干实验的性能确认
当生物信息学分析流程建立后，需对其进行性能确认 ［16］，可以通过三类数据集进行：

（1）临床标本测序数据集：注释充分、特征明确的临床标本测序数据（FASTQ 或其他格式）［32］；

（2）计算机模拟测序数据：利用序列模拟软件模拟生成测序数据集 ［16,33］，要求既要具有与真实测序数据质量相同/相似的技术参数（文库片段长度分布、测序模式、测序错误类型及频率、测序质量值、测序深度等）［16,34］，也要尽可能对临床标本的背景成分信息如宿主核酸、微生物和试剂背景核酸等进行模拟；

（3）组合数据集：利用序列模拟软件定量模拟一种或多种目标病原体的测序数据，然后将模拟序列添加到目标病原体阴性标本的真实测序数据中，形成接近临床标本的模拟数据集 ［16］。

利用上述数据开展性能确认，确定干实验流程的主要性能指标，包括准确率、精确率、召回率和 F1-Score（即精确度和召回率的调和平均值）等 ［28,35］。如果在比对过程中出现寄生虫的假阳性结果（寄生虫为真核生物，与宿主序列相似度较高，且部分寄生虫基因组数据中存在人源序列的污染），需要考虑设置更高的阳性汇报阈值或者对相应寄生虫的基因组数据进行清洗。常见的寄生虫汇报阈值为与阴性对照相比 RPM 达到 10 倍以上，基因组数据清洗常采用把目标寄生虫基因组单独与人基因组比对并去除高度同源的序列 ［36］。

全流程的性能确认
确认 mNGS 湿实验和干实验全流程对病原体的检测能力是否能够达到临床预期用途。在全流程性能确认中至少应包括革兰阳性菌、革兰阴性菌、分枝杆菌、丝状真菌、酵母菌、DNA 病毒、RNA 病毒、寄生虫，同时应关注胞内菌和难破壁的病原微生物。

性能确认参数
可参考《分子诊断检验程序性能验证指南》［37］、《临床微生物培养、鉴定和药敏检测系统的性能验证》［38］、《病原宏基因组高通量测序性能确认方案》［35］ 等，建议实验室 mNGS 检测系统应对方法符合率、交叉反应、精密度、准确度、检出限、抗干扰能力（如针对高人源标本）、稳定性等性能参数进行确认。

样品盘的制备
样品盘要包含模拟参考品和已知病原检测结果的真实临床标本。样品盘的设置应严格遵循临床预期用途所涉及的标本类型，所含微生物应有代表性，尽可能覆盖预期用途中的病原体。标准微生物菌株可以选用 ATCC 或 CMCC 菌株等。应根据不同标本类型来合理地设置模拟参考品中的人源细胞浓度（如支气管肺泡灌洗液的人源细胞浓度中位数为 105cells/ml）。模拟参考品中应至少包含革兰阳性菌、革兰阴性菌、丝状真菌、酵母菌、分枝杆菌、DNA 病毒、RNA 病毒、寄生虫共 8 类病原微生物。在制备模拟参考品前，针对所有待投入微生物进行最低检出限（limit of detection，LoD）研究并确认是否能满足预期用途中对检测性能的要求，模拟参考品示例见表 1，D1-1 的微生物投入浓度为 LoD 的 5 倍，可作为弱阳性参考品进行准确度、精密度、稳定性等参数的确认，D1-2 的微生物投入浓度为 LoD 浓度，可作为准确度、精密度、抗干扰能力等参数的确认。

表 1 模拟参考品示例

注：人源细胞浓度 1×10 5 cells/ml

方法符合率
使用已在国家药品监督管理局备案并批准上市的商品化实时荧光定量 PCR 试剂盒、数字 PCR 试剂盒或临床金标准（微生物培养鉴定、病理染色等）作为参比方法，必要时可使用一代测序作为参比。选取阴性标本 5 例，阳性标本 5 例。按照标本检测程序与参比方法平行检测，计算方法符合率。

交叉反应
选取同属内近源物种，例如屎肠球菌和粪肠球菌、白念珠菌和热带念珠菌、纹带棒杆菌和白喉棒杆菌等，将其分别按照一定浓度比例进行混合测序，统计近源物种的检出情况、读长比例、相对丰度比例与预期是否一致（示例见表 1，D2 参考品）。

精密度
  • 批内精密度：将上述参考品在同一时间内用相同批次试剂完成 3 个全流程重复，分析批次内结果重复性。
  • 批间精密度：用不同批次的试剂分别将上述参考品在 3 个工作日内完成各 3 个全流程重复，分析批次间重复性。
  • 可接受标准：对阳性标本，分析结果是指通过生信流程得到的检出病原中包括该参考品中的病原体，则记为正确结果，否则为错误结果。结果一致的实验数占全部实验数比例高于 95%，判断为可接受。
准确度
采用参考品（模拟参考品）和真实临床标本进行比对。在真实临床标本选择上，应综合病原体分离培养、患者的影像学检查结果、基于宿主反应的检测结果以及靶向治疗后患者的临床表现等综合评价。

  • 样本选择：全流程检测不少于 20 例标本，包括 6 例阳性参考品（每例模拟混合参考品包含不少于 4 种微生物），14 例临床标本（不少于 10 例培养阳性）。分析检测结果与已知参考品的内含微生物以及临床综合判断结果是否一致，对于结果不一致的使用 qPCR 或者送至另一稳定运行的 mNGS 实验室进行差异检验。
  • 可接受标准：20 例标本中物种准确性≥90%，则验证通过。对于临床标本，金标准方法和结合临床信息综合判定的病原体在 mNGS 检测结果列表之中可判定为符合。
检出限
mNGS 的检出限受宿主细胞浓度、核酸提取效率、病原体种类等多种因素影响，建议以待测标本类型中宿主细胞的中位数浓度对病原体检出限进行评估，以 95% 的重复均能检测到某一病原体的最低浓度为检出限。

  • 浓度选择：使用阳性参考品梯度稀释至拟定的检出限浓度，可重复测定 5 次或在不同批内对该浓度标本进行 20 次重复测定（如测定 5d，每天测定 4 份标本）。可根据情况选用稀释液或阴性标本，该稀释液不得含有被验证的目标病原体。
  • 判断标准：如果是 5 次重复检测，必须全部检出靶核酸；如果是 20 次检测，必须检出至少 19 次（95% 检出率）靶核酸。
稳定性
  • 实验过程：将投入 5~10 倍 LoD 病原体的临床模拟标本，在 4℃、-20℃冰箱分别保存 1、4、7d，在-80℃冰箱分别冻融 1 和 2 次，评估对检测结果的影响。
  • 可接受标准：所有重复均检出目标病原体。
抗干扰性
在投入 3~5 倍 LoD 病原体的临床模拟标本中分别额外加入更高浓度（比如 106cells/ml、107cells/ml）的宿主细胞，每份标本重复 2~3 次，以弱阳性参考品无法检出时的内参 RPM 值作为阈值。当进行临床报告解读时，若内参 RPM 低于阈值，需警惕假阴性。

05
临床诊断性能评价
Clinical diagnostic performance evaluation
在完成 mNGS 的分析性能确认后，需要使用真实标本进行临床检测效能评估 ［39］。临床有效性包含敏感性和特异性。敏感性是指参考方法检测结果为阳性的标本中，mNGS 得到相同阳性结果的比例 ［40］。敏感性低则意味着会出现较多漏检（假阴性）。特异性指参考方法检测结果为阴性的标本中，mNGS 得到相同阴性结果的比例，特异性低则意味着会出现较多假阳性结果。参考方法包含微生物培养、病理检测、免疫学检测、PCR、一代测序等。

临床检测性能评价主要采用观察性研究。观察性研究中通过评价 mNGS 检测结果与临床其他参考方法结果的一致性，确认敏感性和特异性。研究应遵循《世界医学大会赫尔辛基宣言》的伦理准则和国家涉及人的生物医学研究伦理的相关要求，应当经伦理委员会审查并同意。标本量与预期用途、评价指标等多种因素相关。标本量估算通常是基于统计学要求的最低标本量估计 ［41］。值得注意的是，在评价某些罕见的病原体，阳性病例的数量有限，可以引用文献报道的临床敏感性和特异性作为理论支撑 ［42］。实验室可采用 “代表性病原体” 进行临床诊断性能评价 ［43,44,45］，比如根据临床预期用途选择不同类型的常见的病原体 ［43］，以期为同类病原体提供参考和借鉴。近年来已发表数篇基于脑脊液、呼吸道标本、血浆等标本类型的 mNGS 检测流程和临床性能确认的研究可供实验方案参考 ［16,25,36,46,47］。

06
mNGS 的质量管理
Quality management of mNGS
mNGS 质量管理的目的是规范分析前、分析中和分析后三个阶段质量控制，确保 mNGS 检测报告的质量。

分析前质量控制
分析前质量控制涉及标本采集和送检流程，标本前处理流程，试剂耗材的批次、分装、储存时间以及设备的维护等环节，需对上述环节设置质控点进行监控。基于此，应建立标本采集与送检流程以明确标本选择、采集时机和方式、容器/耗材、标本量、送检单填写规则、运送保存条件、拒收标准等，以减少环境和人体定植微生物或其核酸污染，同时考虑标本保存运输的稳定性 ［6］；应建立临床标本的标准化前处理程序，对标本性状（比如澄清、黏稠、带血、漏液等）和运输容器/时长/温度等建立明确的接收和拒收标准；应建立试剂、耗材的批次、分装、储存时间以及设备的维护等流程质控标准，以保障关键试剂（比如片段化酶、连接酶、聚合酶等）和关键设备（比如核酸提取仪、PCR 仪、建库仪、测序仪等）的稳定性和有效性。

分析中质量控制
分析中质量控制涉及核酸提取、文库建立、测序生信分析等众多环节。涉及的质控点包括：核酸浓度、纯度、完整性等；建库前核酸投入量下限与上限、文库核酸浓度、纯度、片段大小分布；文库有效数据量、Q30 值、接头比例、内参序列（人工合成双链 DNA 序列或使用噬菌体，与待测病原体基因组没有同源性）的检出等。需要建立：核酸提取的质控标准；文库质控标准；测序数据质控标准 ［48］；明确室内质控（阴性、阳性质控品）的在控和失控标准，每次测序需要包括阴性和阳性质控品。质控品作为患者标本的类似物或替代品，完全按照真实标本的检测流程进行操作。不建议用纯水或磷酸盐缓冲液等不含人源细胞/核酸的标本作为阴性对照，因为此类低核酸浓度标本会造成建库失败或背景微生物序列的过度放大而影响其作为背景监测和阳性判断阈值参考的作用。可以根据待测标本类型的人源细胞/核酸浓度的分布和中位数设置阴性对照标本的人源含量。阳性质控品可以根据分析性能确认的数据，在人源细胞基质（可与阴性对照标本浓度保持一致）中投入 3~5 倍 LoD（弱阳性）的不同类型的灭活微生物来制备 ［16］，不建议使用质粒作为阳性质控品。

分析后质量控制
分析后质控涉及报告周转时间、阳性率/阴性率、室内质控失败率、报告修改率、与临床诊断的一致率、复测率、取消测试数等数据的记录、统计和分析，对异常记录提供纠正措施以不断改进和优化流程，并审查所有与检测相关的文档 ［49］。此外，各实验室应定期进行室间质评或能力验证，在检测流程有重大调整，或更换核心试剂耗材时需要再次进行性能确认。国家卫生健康委临床检验中心已开展多次 mNGS 室间质评预研，建议实验室积极参加此类质量评价活动，发现结果不符应立即查找原因，及时整改。

07
mNGS 推荐使用的人群、时机和疾病
Recommended population, timing, and disease for mNGS use
mNGS 推荐使用的人群
重症感染患者尤其是重要脏器衰竭，甚至多器官功能衰竭患者。常规检测的同时，或在常规检测未得到病原学证据时获取符合检测要求的合格标本进行 mNGS 检测 ［14,36,50,51,52,53,54,55］；高度疑似复杂感染，病原学诊断未明确且常规抗感染治疗无效患者，建议进一步完善常规病原学检测的同时开展 mNGS 检测 ［43,56］；慢性感染，慢性疾病难以除外感染，抗感染疗效不佳需要明确病因患者，在完善常规检测的基础上开展 mNGS 检测 ［57］；免疫缺陷患者感染，因为易发生机会致病菌感染和混合感染，而且感染病原体复杂多样 ［58］，考虑应用常规技术检测的同时，或在其基础上开展 mNGS 检测；不明原因发热患者，考虑感染或不除外感染，规范性经验抗感染治疗无效，考虑应用常规技术检测的同时，或在其基础上开展 mNGS 检测。

mNGS 推荐使用的时机
  • 尽早使用：危急重症感染或局部感染不及时处理则后果严重，恐危及生命时，应在常规病原检测基础上，尽早使用 mNGS 检测辅助明确病原体 ［43,59］；特殊病原体感染，存在群体性感染事件风险，应在开展常规快速检测的同时，尽早使用 mNGS 检测辅助明确病原体。
  • 在治疗过程中使用：高度疑似感染性疾病，但传统微生物检测反复阴性且治疗效果不佳时，考虑在完善常规病原学检测的同时或在其基础上开展 mNGS 检测；传统病原学检测的结果不能解释临床表现的全貌或/和抗感染治疗的反应，怀疑同时存在其他病原感染时，考虑在进一步完善更多病原学检测的同时或在其基础上开展 mNGS 检测；特殊患者如免疫抑制、器官移植术后、反复住院、合并基础疾病，疑似继发感染、新发感染时，考虑常规病原学检测的同时或在其基础上开展 mNGS 检测 ［60,61］。
  • 择期使用：表现为慢性或局部感染，或慢性疾病不除外感染，在尝试常规病原学检查未能明确致病源或/和规范性经验抗感染治疗无效时，建议在进一步完善常规病原学检测的基础上，与患者充分沟通后择期使用 mNGS 检测辅助明确病原体 ［51］。
08
mNGS 标本的选择及采集
Selection and Collection of mNGS Specimens
mNGS 检测可对标本中所有核酸进行检测，不同标本中人源核酸含量不尽相同，人源核酸含量越多，对结果的干扰越大 ［62］。目前临床对 mNGS 检测的要求认识不充分，标本的选择、采集和运送缺乏统一的规范和要求。

mNGS 检测技术几乎适用于所有类型的临床标本，标本的选择须结合患者情况、流行病学、病原体特性、受累器官及感染部位等状况综合考虑。怀疑高致病性、新发或突发传染病原微生物时，标本运送须经相关部门批准，严格按照《人间传染的病原微生物目录》［63］ 的危害程度分类及国际民用航空组织《危险品航空安全运输技术细则》［64］ 的分类包装及转运要求运输标本，如通过其他交通工具运输也应参照以上述标准 ［65］。临床常见标本的选择见表 2。

表 2 mNGS 检测的临床标本类型

从无菌部位采集标本，应严格执行无菌操作，避免污染。从有菌部位采集标本，应采取相应防污染措施，避免定植或污染菌对结果的干扰。标本采集后应使用无菌、无核酸污染、带盖的专用容器，采集后封口膜密封，识别码标记，及时（建议 2h 内）送检。临床在送检时尽可能提供详细的临床信息（如患者流行病学史、感染症状体征、疑似感染灶、疑似病原体、影像学/病理学证据等）供实验室人员综合参考以便于测序数据的正确解读。标本运输过程中须防污染、防震荡，使用冷链系统转运。

09
报告解读
Report Interpretation
mNGS 检出法定传染病及烈性传染病病原的处置
传染病病原名单建议

法定传染病病原体：包括《传染病防治法》规定的各类传染病病原体。病原体种类应根据国家相关法律法规的修正进行及时调整。其他烈性传染病病原体：建议参考《人间传染的病原微生物目录》中对高致病性病原体的相关定义。

复核验证流程

建议根据国家规定和验证需求将标本在有资质的实验室内进行分离培养、特异基因片段检测、特异性抗原抗体检测等方法复核。如没有剩余标本，应在做好生物安全防护的情况下进行临床重新采样，应用传染病诊断标准中规定的实验室诊断技术进行病原检测，基于病原检测结果，结合临床症状、流行病学史，依据现行传染病诊断标准进行诊断。

传染病病原体处置建议

如患者被诊断为传染病的，按照《传染病防治法》等法律法规规定的流程上报疾控部门，并且对患者、标本等进行规范的处置。应按要求将剩余标本或重新采集标本送上级部门进行确认，并上报患者情况，同时做好必要的患者隔离措施和相关治疗工作。

疑似新发病原体处置建议

若检出疑似新发病原体，应立即组织专家开展研判，尤其当疑似新病原体的序列与已知的烈性或者高传染性病原体序列相似，或者短时间内从≥2 例流行病学相关患者中检出疑似新病原体时，应立即上报有关部门。

报告解读的逻辑
病原体物种解读

检出法定传染病及烈性传染病病原，尤其是当检出甲类传染病（鼠疫、霍乱）以及部分传染性较强、危害较大的乙类传染病（如传染性非典型肺炎、脊髓灰质炎、人类高致病性禽流感、炭疽等）病原体，应立即对下机数据的质量，特别是比对到烈性传染病的特异性序列的准确性、读长数、基因组覆盖度等数据进行严格核实，确认可排除背景核酸污染以及特异性序列比对无误的前提下，同时启动标本复核程序。当从标本中检出明确可导致感染且能排除污染、定植微生物和背景核酸时，应报告高度怀疑该病原菌为引起感染的病原菌。患者无菌部位标本如血液和脑脊液标本中检出可疑病原菌，在无其他感染病原证据且能排除污染、定植微生物和背景核酸时，应报告为可疑致病微生物。从开放性腔道如呼吸道或可能存在皮肤定植菌污染部位的标本中检出条件致病微生物时应结合序列数、文库浓度、患者临床病史信息、感染相关指标，会同多学科专家进行讨论明确是否为责任病原体。报告单中应至少包含检出的病原微生物种属名称、唯一比对的读长数、相对丰度和室内质控数据，以及对术语、技术参数和病原微生物的注释。mNGS 报告中的病原体物种名称应标注标准的中英文名称，部分可参考的网站包括细菌网站 https：//lpsn.dsmz.de/和真菌网站 https：//www.mycobank.org 等。

耐药/毒力基因解读

通过耐药/毒力基因预测病原菌对抗菌药物的敏感性以及病原体的致病力，可为临床的抗感染治疗提供参考依据。但需要注意的是，不是所有的耐药/毒力基因存在即表达，可能存在基因型和表型不一致的情况；部分导致耐药/致病的机制尚无法通过检测基因来明确；目前对于耐药/毒力基因的物种归属分析技术尚未完善。因此，应谨慎开展以耐药/毒力基因来预测病原微生物耐药性和致病力。对于实验室可开展常规药敏试验检测病原菌对抗菌药物敏感性结果的药物，不宜以耐药基因结果进行预测，应以表型法药敏试验结果为准。

10
LDT 项目备案与管理
LDT project filing and management
目前，mNGS 的国内 LDT 模式还未形成系统性的管理规范，在具体的检测技术层面上存在标准化程度低、检测结果差异大、质量控制体系不完善等问题。2021 年 6 月发布的《医疗器械监督管理条例》第五十三条为 LDT 模式的合规化开展提供了法理依据，在实操层面，国家重点支持推进 LDT，2023 年 1 月国家药监管理部门及卫生主管部门联合印发关于 LDT 试点工作的通知，对于自行研制使用体外诊断试剂的试点医院资质、试剂制备要求、质量管理等重点方面作出了相应的监管要求，建议符合条件开展 LDT 项目的医疗机构，密切关注立法及监管最新动态，按相关法规进行申报、备案和管理。

执笔人：

杨启文（中国医学科学院北京协和医院检验科）；马筱玲（中国科学技术大学附属第一医院检验科）；张建中（中国疾病预防控制中心传染病预防控制所）；李轶（河南省人民医院检验科）；吴文娟（上海市东方医院检验科）；杨继勇（解放军总医院检验科）；韩东升（浙江大学医学院附属第一医院检验科）；李家斌（安徽医科大第一附属医院感染科）；罗燕萍（解放军总医院检验科）；周华（浙江大学医学院附属第一医院呼吸科）；谷丽（首都医科大学附属北京朝阳医院感染科）；张西京（空军军医大学西京医院重症医学科）；李敏（上海交通大学医学院附属仁济医院检验科）；单斌（昆明医科大学附属第一医院检验科）；胡付品（复旦大学附属华山医院抗生素研究所）；刘正印（中国医学科学院北京协和医院感染科）；周海健（中国疾病预防控制中心传染病预防控制所）

主要审稿专家（按姓氏首字母顺序排列）：

陈德昌（上海交通大学医学院附属瑞金医院重症医学科）；冯四洲（中国医学科学院血液病医院血液科）；顾兵（广东省人民医院检验科）；胡继红（国家卫生健康委员会临床检验中心）；刘晓琳（国家卫生健康委员会合理用药专家委员会）；孙自镛（华中科技大学附属同济医院检验科）；施毅（南京大学医学院附属金陵医院呼吸科）；王明贵（复旦大学附属华山医院抗生素研究所）；王佳伟（首都医科大学附属北京同仁医院神经内科）；徐英春（中国医学科学院北京协和医院检验科）；肖永红（浙江大学医学院附属第一医院感染科）；俞云松（浙江省人民医院感染科）；张耀华（中国药师协会）；郑磊（南方医科大学南方医院检验科）；郑波（北京大学第一医院感染科）；卓超（广州医科大学附属第一医院感染科）；周铁丽（温州医科大学附属第一医院检验科）

参考文献：略

中国首部 NGS 自动化与常规化专家共识发布，杰毅生物参与起草

/分类 /撰自

近日，《中国生物医学工程学报》刊登了由康熙雄教授领衔，29 位产学研专家成员参与编写的《临床下一代测序的自动化与常规化专家共识》。这是我国在临床 NGS 自动化领域首个专家共识，杰毅生物作为产业代表参与共识编写。

为了更好地加速 NGS 技术在临床中的应用，进一步扩大应用范围，本共识从技术、流程及产品角度着重探讨临床 NGS 常规化与自动化的建设路径， 包括如下要点（文末附共识原文链接，欢迎查看）:

1 .规范化采样

所指样本包括体液（血液、痰液和胸腹水等）、组织（肿瘤组织，病原组织等）和表皮拭子。规范化采样包括：１）根据采样方式分为自动化采样和人工采样；２）依据采样地点分为院内采样和院外采样（居家和社会 s 采样点等）。
共识 1
规范化采样是临床 NGS 常规化的基础，实现自动化采样是重点，是持续降低采样时间和成本并提高用户体验的手段。目前，居家自采样仅适用于表皮拭子和唾液采集；院内采样建议培训专们的医生、护士或遗传咨询师进行样本的规范采集、保存转运以及人类遗传资源的合规管理等操作。

2.自动化核酸提取纯化和建库

核酸提取纯化和建库是临床基因检测流程中自动化较为成熟的环节之一。自动化核酸提取纯化和建库一体化设备将成为主流，在病原体 mNGS 建库方面，杰毅生物的 NGSmaster™系统具有代表性。
共识 2
目前核酸提取纯化和建库的自动化程度已相对较高，未来需进一步提高其便捷度和降低操作周期，以及进一步提高在质检、杂交和洗脱试剂及耗材准备等方面的自动化水平，提高一体化程度并拓展适用范围，进一步将临床基因检测各环节有机整合。 同时，还需要在不同建库流程间构建一致性评判标准。Master2

杰毅生物 NGSmaster™全自动一站式建库仪

3.更灵活的基因测序系统

NGS 发展十余年以来，自动化和集成化的程度不断提高，未来自动化程度的进一步提升有赖于有机整合核酸提取、纯化和建库等相关流程，并减少自动化和集成化系统中冗余体积和死体积带来的成本浪费。
共识 3
临床 NGS 应用实现常规化，亟需更灵活的基因测序系统，包括灵活的通量、更低的起始量、更短的检测周期以及不同工作流程模块的集成。同时，测序仪与自动化核酸提取纯化和建库设备的有机整合是未来临床 NGS 常规化的趋势和必备的硬件基础设施。

4.生物信息分析自动化及参考数据库建设

实现临床生物信息处理的自动化，应逐步考虑实现对疾病信息、检测对象和检测试剂盒进行分类、分级和分层。在大力推动生物信息分析自动化及其云平台化的同时，也要注重保护数据的安全性、真实性和有效性。
共识 4
生物信息分析自动化需建立不同样本类型及分析场景的规范及标准，并扩展分析工具对不同数据类型的兼容，形成即可独立分析的管道，又可组装至自动化系统的分析流程；此外，需建立普遍适用且可定期更新的参考数据库并建立版本控制。 在对大规模数据分析时，需配备对应的网络传输工具以及数据管理架构，形成有效的协作空间。

5.临床 NGS 数据解读和遗传咨询常规化

临床 NGS 的数据解读是生物信息工程师与医生和患者之间的桥梁，是向患者就特定疾病的病因、遗传方式、诊断、治疗、预后、复发风险和后代生育健康等问题给予答复的服务，是向咨询者提供做决定所需的关键信息。
共识 5
临床 NGS 检测前/检测后的遗传咨询是有效利用 NGS 数据并服务患者的必要环节。我国需要尽快健全遗传咨询师的培养、培训和认证体系，将临床 NGS 纳入医院信息系统，鼓励医院设置遗传咨询师岗位，发挥遗传咨询师在科室团队中的作用。同时，促进遗传咨询远程会诊平台的建设，推动开发权威的标准化在线决策支持平台，加强报告解读过程的自动化。对于部分无需深度遗传咨询的疾病检测，可建立自动化报告系统产品来辅助医生提高效率。

6.整合临床 NGS 结果和表型信息至医疗信息化系统

临床 NGS 结果是患者的个人信息，也是群体公共卫生的参考信息，将临床 NGS 结果、患者表型信息（基于人体表型本体数据库）与医院信息系统（HIS）、电子健康记录 (EHR) 等进行结构化整合，未来，进一步将临床诊疗数据、病理数据、检验数据、分子检测数据、表型数据和随访数据有机融合，可充分地利用医疗大数据进行基础研究和临床诊疗，让患者享受大数据时代带来的巨大获益，有助于遗传咨询体系的完善和个人医疗数据的保存，为患者及家属提供更为全面的个体化诊疗支持和遗传信息。
共识 6
将临床 NGS 报告通过数字化平台分发，可提高诊疗协作效率，有利于数据报告的迭代优化，未来可辅以数据可视化及数据管理等功能；将临床 NGS 结果与 HIS 、EHR 有机融合，提高诊断效率，提高临床科研便捷性，有助于遗传咨询体系的完善和个人及群体遗传资源的保护，从长远角度将更有利于推动建立真正的数字化医疗健康基础设施。

7.LDT 和 IVD 并存发展

IVD 的显著特点是产品标准化及配备规范化，在不同医院之间对检测结果的一致性容易判定。由于近千万元级别的研发成本和较长研发周期的压力，IVD 方式更适合于中大规模的 NGS 技术转化及临床应用。LDT 虽然开发过程更为灵活，但相比 IVD 项目申报需要更长时间和更多资源，如在政策指南的规范下，LDT 可以迅速将科学成果转化成临床应用。

共识 7
IVD 和 LDT 是未来临床 NGS 服务并存的两种方式，建议出台政策鼓励和加速不同病种的 IVD 产品研发；建议加速出台促进 LDT 的政策、规范及行业指南，鼓励基于 NGS 的创新应用，推动更多有效的 NGS 技术普及临床，服务大众。

8.降低和分摊 NGS 成本，加速进入医保

除技术优化外，建议将新型分子靶向药物的开发与临床 NGS 相结合，这将有效扩大临床 NGS 应用的患者数量，形成成本分摊，患者和医保的压力降低的有利局面。 除医保外，还建议将 NGS 技术相关临床检测纳入商业保险范畴或者开放商业保险与 NGS 的产品合作，共同解决存在的壁垒，如对重疾险患者的疾病风险评估、住院患者商业保险报销界定等，可有效分担医保压力。
共识 8
降低成本是关键。建议通过提升测序技术和优化检测流程实现降低 NGS 的应用成本；与此同时，促进 NGS 进入医保，以及推动社保和商业保险参与，鼓励新药研发与临床诊疗结合，拓展分摊 NGS 成本的途径。

9.加强医患培训和 NGS 科普教育

NGS 作为新兴技术，对于医患均有一定的认知难度。因此，需要通过加强临床医生和医生助理的系列性专业培训，有效提高其对先进产品的认识理解和鉴别能力，有效提高临床 NGS 技术的利用效率。 建议通过制定相关行业标准和专家共识，为临床合理选择 NGS 技术及产品提供可靠且权威的依据。
共识 9
加强宣教是基础。推进临床 NGS 的常规化，应将加强开展专业技术人员培训以及对患者及家属进行科普教育作为基础。同时，加强相关人员对临床 NGS 结果和规范的理解和使用，这有助于缓解当前专业人员极度匮乏的现状。

10.建立数据安全管理和利用的规范

建议在数据安全和隐私保护的基础上建立对数据进行合规利用的途径，当然其核心还是应落在建立相关操作规范和加强应用试点，并在技术层面建立数据转化的系统及平台，在宏观层面建立数据应用渠道的指导和监管。
共识 10
加强保护促进利用。加强人类遗传资源的管理是保障临床 NGS 数据安全及合规利用的基础，需为此建立数据合规转化的系统及平台，并加以规范和试点。使相关人群的重要且敏感的基因信息以及临床诊疗信息得以体系化管理和保护；与此同时，临床 NGS 数据有效且合规地利用对于科技突破、产业发展和临床服务具有战略价值。

共识原文：

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