近日，团体标准 T/CITS 686—2025《病原宏基因组高通量测序检测病原微生物技术要求》正式发布。该标准由中国医学科学院北京协和医院牵头，联合杰毅生物等多家权威机构共同起草，系统规定了医疗机构临床实验室开展 mNGS 检测所应遵循的资源要求、过程要求及管理体系要求，涵盖了设施环境、人员资质、设备管理、试剂耗材、检验前中后流程以及质量控制等关键环节。进一步推进病原宏基因组高通量测序（mNGS）技术在临床检验领域迈入规范化、标准化发展的新阶段。
以下是该文件要点：
一、适用范围
本文件规定了病原宏基因组高通量测序技术检测病原微生物的资源要求、过程要求和管理体系要求。
本文件适用于医疗机构临床实验室开展病原微生物的宏基因组高通量测序检测活动。
本文件不适用于科研性质的病原宏基因组高通量测序检测，基于生物纳米孔、固态纳米孔等单分子测序技术的病原宏基因组检测，以及基于靶向探针杂交捕获或多重引物扩增技术建立的病原高通量测序检测。
二、资源要求
4.1 设施和环境条件
4.1.1 mNGS 实验室（以下简称实验室）应至少达到生物安全二级（BSL-2）标准，设计应符合 GB 19489—2008 和 GB 50346—2011 的要求。
4.1.2 实验室应合理划分功能区域，包括但不限于：
- a) 试剂及耗材库房；
- b) 试剂准备室；
- c) 标本接收及检验前标本储存室；
- d) 标本制备室；
- e) 检验后标本储存室；
- f) 文库制备室；
- g) 测序室；
- h) 数据分析及报告解读室；
- i) 医疗垃圾暂存室。
4.1.3 若实验室使用自动化仪器进行核酸提取、文库构建和/或测序，宜根据自动化仪器的工作需求合理划定分区。
4.1.4 各区域应具备独立的环境控制系统，其中文库制备室和测序室宜设置独立的通风系统，并维持负压状态。
4.1.5 测序室宜配备恒温恒湿控制系统与高效过滤装置（如 HEPA 过滤器）。
4.1.6 高精密仪器（如高通量测序仪、分析服务器等）应置于减震平台，并配备不间断电源。
4.1.7 所有区域宜配备实时环境监控设备，记录温湿度、洁净度等数据。
注：更多检验检测实验室设计与建设技术要求参考 GB/T 32146.1—2015 和 GB/T 37140—2018。
4.2 人员
4.2.1 实验室人员配置宜至少包括实验室负责人、技术负责人、实验操作人员、生物信息学分析人员及结果解读和报告签发人员。
4.2.2 所有人员应具备临床医学检验技术资格证书、临床基因扩增检验实验室技术人员培训合格证书、临床高通量测序检测实验室规范化培训证书等，并通过实验室内部培训和考核，经资格确认后方可上岗。同时应满足以下要求：
- a) 实验室负责人具有临床微生物检验学或分子生物学相关专业高级专业技术职称，具备全面的实验室质量管理能力；
- b) 技术负责人具有临床检验诊断学或医学检验、临床医学、分子生物学等专业学士及以上学位，具备 5 年以上临床实验室工作经验，并全面掌握高通量测序技术的原理、关键操作环节及风险管控的要求；
- c) 实验操作人员具有临床检验诊断学或医学检验、分子生物学等相关专业背景，并经过相关专业技术培训；
- d) 若实验室配置有生物信息学分析人员，其应掌握基因测序技术原理及相应的生物信息学软件的使用，并具备数据信息维护、开发新算法及更新数据库的能力；
- e) 结果解读和报告签发人员应具备临床检验诊断学或医学检验、临床医学、分子生物学等专业学士及以上学位，并熟悉感染性疾病临床诊疗指南。
4.2.3 工作人员连续工作 6 个月后，宜再次进行岗位能力评估。若连续 6 个月未从事该岗位工作，宜重新进行岗位能力考核，考核通过后上岗。
4.3 设备
4.3.1 实验室设备应包括测序仪、生物信息学分析系统、实验室信息系统等。
4.3.2 所有硬件设备宜具有唯一的实验室编号，并依据制造商说明书制定维护和校准程序。
4.3.3 生物信息学分析系统应设置唯一版本号，并在质量管理文件中进行明确记录。软件升级前应制定验证方案，完成验证后方可升级，并及时更新版本记录。
4.3.4 临床检测前，应对信息管理系统的运行进行验证，患者信息在实验室信息系统与医院病历系统之间的传输应准确无误。系统应具备安全防护措施，防止未经授权访问、篡改或删除数据。测序数据的管理宜符合以下要求：
- a) 数据存储：测序数据应存储在专用存储服务器中，并定期备份原始数据与结果文件，可基于已识别的风险选择保存时间；
- b) 数据访问：服务器应实施严格的账号与权限管理，规范数据访问渠道、方式及人员；
- c) 数据使用：测序数据的使用及传输应经过审批程序。
4.4 试剂和耗材
4.4.1 实验室应建立试剂和耗材的接收、储存和库存管理制度。
4.4.2 更换新批次主要试剂和/或耗材前，应使用新批次对现用批次检测结果为阴性和阳性的若干剩余临床标本进行检测，比对结果一致后方可启用，并保存比对记录。
三、过程要求
5.1 检验前过程
5.1.1 检验申请
临床医生提出检验申请时宜提供充分信息，包括患者基本信息、检验标本采集时间、送检时间、抗菌药物使用史等。必要时，实验室宜与临床医生沟通确认重点关注的病原微生物种类。
5.1.2 标本采集与转运
实验室应向临床医生提供标本采集和转运的程序文件，明确标本类型、标本采集过程、采集容器、标本量、标本转运和保存的温度条件和时间限制，并提供实验室接收标本的时间、地点和联系方式。
5.1.3 标本接收
5.1.3.1 实验室应制定标本接收程序，确认无误后接收并记录接收时间。若发现医嘱错误、标本标识不清晰或错误，应立即联系临床医生或患者及家属。
5.1.3.2 实验室应制定不合格标本判定标准。若接收标本质量不适于检验或可能影响检验结果，应在标本接收时与临床医生或患者及家属进行沟通。若不合格标本具有不可替代性，且临床医生或患者及家属仍选择继续检验，应在最终报告中备注说明。
5.2 检验过程
5.2.1 检验程序的选择和性能确认
5.2.1.1 实验室应根据临床预期用途选择和建立合适的检验程序，并对试剂、测序仪器及分析软件进行性能确认，主要包括关键实验环节和完整流程的性能确认。
5.2.1.2 应根据拟检测的标本类型和病原微生物种类制备性能确认标本，由实验室的工作人员完成性能确认，并记录和分析性能确认结果，最终确认所用检验程序的性能参数，如可报告范围、检测限等。
5.2.1.3 性能确认报告应由实验室负责人审核并存档。
5.2.2 检验程序的执行
5.2.2.1 实验室人员应严格根据 SOP 的要求进行操作，并如实记录实验过程中的数据。实验过程宜至少包括：
- a) 标本处理与核酸提取：测定核酸浓度和纯度，并根据标本类型分别设置不合格要求，不同标本类型宜在不同生物安全柜中操作，宜使用 A2 型半排或 B2 型生物安全柜；
- b) 文库构建：文库构建完成后宜测定文库浓度和纯度，可测定文库片段分布并计算摩尔浓度；
- c) 测序：核对测序模式、读长设置、标本信息等，监控仪器运行参数及环境状况，异常时评估影响，必要时重新测序。
5.2.2.2 生物信息学分析宜实现自动化，至少包括以下步骤：
- a) 测序数据拆分：对原始下机数据，进行标签识别以及序列拆分；
- b) 测序数据质量控制：对拆分后的数据进行接头序列、低质量序列、低复杂度以及重复序列过滤，明确单价标本的测序数据量和 Q30 的最低要求；
- c) 去除人源宿主序列：对人源以及人源载体序列进行过滤，即将高质量序列与人源参考数据库进行比对过滤，得到非人源高质量序列；
- d) 微生物物种注释：将非人源高质量序列与参考数据库进行比对，得到序列所属病原微生物物种和/或基因的信息；
- e) 注释结果：根据可报告范围内病原微生物和/或基因的临界点，明确检测结果。
5.3 检验结果有效性的保证
5.3.1 实验室内质量控制
5.3.1.1 每批次实验应至少包含 1 份阳性质控品、1 份阴性质控品和/或空白质控品，质控品基质和结果宜尽可能接近真实临床标本。若检测不同的标本类型，或使用不同检测试剂和/或操作流程，宜分别设置阳性质控品、阴性质控品和/或空白质控品。
5.3.1.2 空白质控品宜使用去离子水或生理盐水。阴性质控品宜使用既往检测结果为阴性的临床剩余标本。以阴性质控品为稀释基质，加入完整病原微生物或核酸（可为标准物质、来源明确且验证过的培养物、检测结果明确的临床剩余标本或人工合成的核酸序列等）制备阳性质控品，病原微生物浓度宜控制在最低检测限浓度的 2 倍～4 倍。
5.3.1.3 每份标本可分别加入具有序列特异性的核酸片段作为内标，与标本同时提取、建库和测序。内标可对管内抑制物、标本间的交叉污染及标本混淆等导致的假阴性或假阳性结果进行质量控制。
5.3.1.4 针对过程中的关键步骤和数据，实验室应有明确质控通过标准，并明确记录和保存，质控不符合可接受标准时，实验室不应签发报告。
5.3.2 实验室间评价
5.3.2.1 实验室应定期参加室间质量评价计划或实验室间比对计划。比对标本宜使用临床剩余标本，若实验室开展多种标本类型的临床检测，不同标本类型宜分别参加实验室间质量评价计划或实验室间比对计划。
5.3.2.2 实验室应按 SOP 处理比对标本，不应将比对标本或数据转送至其他实验室或使用其他方法进行检测。
5.3.2.3 当评价结果未达到预定的评价标准时，应记录不符合结果情况并查找原因，实施纠正措施并监控纠正措施的有效性。
5.4 检验后过程
5.4.1 结果审核和发布
审核前应确认通过室内质量控制。结果解读应结合临床信息、其他检验结果。对于复杂、风险较高或需要临床决策支撑的结果，宜由两位工作人员共同进行分析解读，必要时使用其他方法学复核检测结果或组织多学科会诊后签发报告。
5.4.2 报告要求
5.4.2.1 报告的病原微生物列表应遵循性能确认结果确定的可报告范围，明确列出检出的病原微生物种类和/或耐药基因等，致病性不明确者不应在报告中体现。如果需要报告近缘物种，应根据性能确认结果明确实验室对于近缘物种的交叉率，并在 SOP 中明确说明近缘物种的临界点和报告原则。对检出的结果宜进行相应的临床解释，并声明检测项目的技术特点和局限性。
5.4.2.2 报告应包括但不限于：
- a) 实验室信息；
- b) 患者的基本信息（每页均应标注患者的唯一识别信息）；
- c) 检测标本的信息（标本类型、采集时间、接收时间、质量评估等）；
- d) 检测项目的信息；
- e) 检测结果及病原微生物注释；
- f) 检测方法可报告范围和局限性；
- g) 检测人员和审核人员姓名。
5.4.3 回顾性评价
5.4.3.1 临床随访评估：宜对既往检测结果进行临床随访，以最终诊断结果为参照，分层评估阳性符合率、阴性符合率及整体一致性等指标，并结合典型不一致案例分析可能的假阴性和假阳性原因，判断现行检测阈值的适用性与稳定性，确认阈值及判读规则是否需调整。
5.4.3.2 实验室背景污染：
5.4.3.2.1 宜定期回顾阴性标本、阴性质控品和/或空白质控品结果，分析实验室背景污染的物种与变化趋势，分析内容应包括不同试剂批次、耗材批次、操作人员、实验环境及季节性因素等对实验室背景污染的影响，并记录相关物种的出现频率、序列数与丰度等特征。
5.4.3.2.2 宜比较不同时间段的实验室背景污染水平及其对病原检出和判读阈值的潜在影响。必要时，宜据此对阈值、室内质量控制参数等进行调整或优化。
四、管理体系要求
6.1 质量管理体系文件
6.1.1 一级文件：质量手册
实验室应建立质量手册、管理方针、质量目标和组织架构等文件。宜结合 mNGS 检测项目的特殊性，描述组织架构和岗位职责，如明确标本接收、标本处理、测序、数据分析与报告解读等岗位的职责分工。
6.1.2 二级文件：程序文件
实验室应建立人员、设备、环境、试剂与耗材管理程序文件，并建立关键的过程要求程序文件，宜包含性能确认程序、标本管理程序、实验室信息管理程序、实验室内比对程序、室内质控程序、实验室间评价程序等。
6.1.3 三级文件：SOP
实验室应对现用检验程序详尽制定 SOP，宜同时制定简明的快速参考作业指导书或卡片文件。SOP 宜覆盖临床预期用途、原理和方法、可报告病原微生物范围、患者准备与标本采集、标本转运与接收、标本处理、核酸提取、文库构建、测序、数据分析与报告解读过程等。
注：SOP 撰写具体要求参见 WS/T 227—2024。
6.1.4 四级文件：记录与表格
实验室宜结合实际工作情况，建立包括实验批次记录表、测序记录表、质控记录表、报告解读与审核记录表、培训记录表等。
6.2 文件控制
6.2.1 所有文件在制定、审批、发布、修改、废止过程应版本受控，均有唯一性标识和版本号。
6.2.2 现行有效文件应在实施前对相关人员进行培训，并以适宜形式（纸质或电子）发放至使用场所。
6.2.3 文件修订应履行审批程序，修订后应重新培训。废止文件应及时回收并标识。
6.3 记录控制
6.3.1 记录建立：记录应真实、完整、清晰、及时，与相应活动同步完成。
6.3.2 记录修改：
6.3.2.1 若修改纸质表格记录，宜使用单线或双线划改方式，并注明修改人、修改日期、修改理由。
6.3.2.2 若修改电子表格记录，应自动记录修改日志。
6.3.3 记录保存：
6.3.3.1 记录应以纸质或电子形式保存，电子记录应定期备份。
6.3.3.2 可基于已识别的风险选择记录保存时间。
6.4 失控及纠正预防措施
6.4.1 发生失控时的记录与原因分析
6.4.1.1 应记录发生失控的时间和具体环节，如设备故障、人员操作错误、试剂配制错误等。
6.4.1.2 失控发生后宜第一时间通知实验室技术负责人，初步评估失控对实验结果的影响范围和程度，启动失控管理流程。
6.4.2 失控发生后的纠正预防措施
6.4.2.1 应根据原因采取相应措施，包括但不限于：
- a) 对于失控造成检测结果不准确的标本或数据，不应直接签发报告，应重新检测或重新采集标本后检测；
- b) 若失控因人员错误操作引起，应对相关人员重新培训与考核，考核通过后上岗；
- c) 若失控因设备故障引起，应进行设备检查、维护或重新校准；
- d) 若失控因试剂和/或耗材引起，应立即停用封存该批次试剂和/或耗材，并启用验证合格的试剂和/或耗材；
- e) 若失控因环境变化，如温湿度波动、电力中断等引起，应暂停实验，直至环境条件满足实验要求后恢复实验操作。
注：质量管理体系建设具体要求参见 GB/T 22576.1—2018 和 GB/T 27025—2019。
6.4.2.2 应跟踪纠正预防措施的实施效果，验证其有效性，并记录闭环管理过程。
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3 月 21-23 日，CACLP 在
