已发表学术成果
Impact of SARS-CoV-2 infection on respiratory and gut microbiome stability: a metagenomic investigation in long-term-hospitalized COVID-19 patients
广州呼吸健康研究院叶枫团队联合杰毅生物进行呼吸道和消化道的微生态关联分析，通过 NGS 技术揭示了 COVID-19 患者肠道与呼吸道微生物的双向迁移现象，发现肠道中的脆弱拟杆菌（Bacteroides vulgatus）在重症患者中显著富集，可通过抑制特定病原菌的过度生长稳定肠肺微生态，为 COVID-19 的治疗与管理提供新思路。成果发表在微生物学 1 区 Top 期刊《npj biofilms and microbiomes》（IF=7.8）上，杰毅生物陈璟和广州呼吸健康研究院李征途为本文第一作者。
Identification of a novel Providencia species showing multi-drug-resistant in three patients with hospital-acquired infection
复旦大学附属华山医院胡付品教授团队联合杰毅生物进行耐药微生物大规模全基因组测序的研究中，通过自动微生物鉴定系统发现三株普罗威登菌新菌种。基于多种菌种鉴定方法，赋予普罗威登菌新菌种生理生化特性、命名为华山普罗威登菌。由于包含多种耐药基因，华山普罗威登菌不仅对常见的一线抗菌药物耐药，而且对新型β-内酰胺-β-内酰胺酶抑制剂复方制剂耐药，对公共卫生造成重大威胁。同时含有 III 型和 VI 型双重分泌系统的共存使菌株易于建立感染和逃避宿主免疫反应。成果发表在医学 2 区期刊《International Journal of Antimicrobial Agents》（2024 年 IF =10.8）杂志上。华山医院抗生素研究所杨维维和杰毅生物陈璟为本论文共同第一作者。
Probability of outbreaks and cross-border dissemination of the emerging pathogen: a genomic survey of Elizabethkingia meningoseptica
浙江大学第一附属医院郑培文团队联合杰毅生物通过全基因组测序分析分析揭示埃丽莎白菌（Elizabethkingia meningoseptica）的全球分布、进化历史及传播网络，发现其可能起源于 90 年前的美洲，具有院内传播及跨国传播潜力，并强调米诺环素和多西环素对其感染的治疗潜力，呼吁加强全球基因组监测以预防严重院内暴发感染。成果发表在微生物 2 区期刊《Microbiol Spectr》（IF=3.7）上，浙江大学附属第一医院胡韶华为第一作者，杰毅生物陈璟为参与作者。
Klebsiella pneumoniae carbapenemase variants: the new threat to global public health
复旦大学附属华山医院胡付品教授团队联合杰毅生物发表一篇综述，阐述了 KPC 突变体的临床特征、风险因素、流行病学、抗菌谱、检测方法及治疗策略以警示其公共卫生威胁。成果发表在微生物 1 区期刊《Clinical Microbiology Reviews》（IF=36.7998）上。杰毅生物陈璟、田震参与文章的数据分析。
Utility of clinical metagenomics in diagnosing malignancies in a cohort of patients with Epstein-Barr virus positivity
复旦大学附属华山医院张文宏教授团队联合杰毅生物共同开展了 mNGS 在 EBV 阳性患者中肿瘤诊断应用的研究，该研究首次使用 mNGS 与 CNV 分析技术对发热待查队列中 EBV 阳性患者的恶性肿瘤预警提示。研究成果发表在《Frontiers in Cellular and Infection Microbiology》（IF =6.073）杂志上。
Diagnosis of lung squamous cell carcinoma based on metagenomic Next-Generation Sequencing
福建省第二人民医院联合杰毅生物共同发表了一篇临床案例，此案例应用 Q-mNGS Onco 排除感染，同时利用宿主基因组拷贝数变异提示肿瘤， 研究成果发表在《BMC pulmonary medicine》(IF = 3.317)。 福建省第二人民医院呼吸与危重症医学科魏萍为第一作者， 王春娥主任和杰毅生物刘超博士为通讯作者， 杰毅生物王肖嘉和李彩云共同参与此研究。
Diagnosis and Surveillance of Neonatal Infections by Metagenomic Next-Generation Sequencing
湖南省儿童医院联合杰毅生物共同开展了关于新生儿感染研究，并应用 Q-mNGS 针对传统病原学阴性的新生儿感染患者进行病原检测和监控治疗，研究成果发表在《Frontiers in Microbiology》（IF 5.64）。湖南省儿童医院新生儿科张榕教授为本文第一作者，杰毅生物刘超博士和湖南省儿童医院彭小明主任为通讯作者。
Optimized Sequencing Adaptors Enable Rapid and Real-Time Metagenomic Identification of Pathogens during Runtime of Sequencing
北京协和医院携手杰毅生物在检验医学 top 期刊《Clinical Chemistry》（2021 年影响因子 8.327）发表重要研究论文，助力实现宏基因二代测序平台的快速实时分析。论文第一作者为北京协和医院检验科的张栋、张京家、杜娟和杰毅生物的周逸文，通讯作者为北京协和医院检验科的杨启文主任和杰毅生物基础研究院的欧阳川博士。其他参与作者包括杰毅生物的吴鹏飞、刘紫丹、孙准准、王江浩、陈君杰和丁文超博士、王珺博士，以及协和医院检验科主任徐英春教授。
Diffuse Large B-Cell Lymphoma of the Mandible Diagnosed by Metagenomic Sequencing: A Case Report
近日，杰毅生物 Q-mNGS 助力苏州大学附属第一医院成功诊断一例下颌骨弥漫性大 B 细胞淋巴瘤病例，表明 Q-mNGS 不仅有助于快速诊断感染病原，而且有助于排除感染以及诊断肿瘤。病例报道发表在《Frontiers in Medicine》（IF 5.091）。杰毅生物刘超博士和苏州大学附属第一医院李洁主任为本病例报道的共同通讯作者。
Bacterial and Fungal Infections Promote the Bone Erosion Progression in Acquired Cholesteatoma Revealed by Metagenomic Next-Generation Sequencing
近日，浙江大学医学院附属第二医院联合杰毅生物共同开展了关于中耳胆脂瘤的发病机制研究。并首次应用 mNGS 探究了病原微生物与中耳胆脂瘤之间的联系，研究成果于 2021 年 11 月 5 日发表在《Frontiers in Microbiology》（IF 5.64）杂志上。浙江大学医学院附属第二医院耳鼻咽喉科蒋骅主任为本文第一作者，浙大医学院转化学院陈祥军教授为本文通讯作者，杰毅生物王珺博士、韩序博士和丁文超博士共同参与此研究。
Metagenomic next-generation sequencing to identify pathogens and cancer in lung biopsy tissue
北京大学人民医院检验科王辉教授团队在国际著名的柳叶刀子刊《EBioMedicine》（IF=8.143）发表了题为 “Metagenomic next-generation sequencing to identify pathogens and cancer in lung biopsy tissue” 的研究论文。王辉教授为本文通讯作者，杰毅生物王珺博士和丁文超博士共同参与了此项研究。
本研究首次报道了基于 Illumina 测序平台的 mNGS 在肺活检组织标本中同时诊断感染和肿瘤。该技术可以有效地对影像学异常如肺部阴影、占位性病变或结节的患者提供肿瘤诊断。
Metagenomic sequencing with spiked-in internal control to monitor cellularity and diagnosis of pneumonia
浙江大学医学院附属邵逸夫医院、浙江大学医学院附属第一医院等 15 家医院联合杰毅开展的，针对肺部感染患者的定量宏基因组检测多中心研究取得重要进展，研究成果正式发表于《Journal of Infection》（2020 年影响因子 6.072）。论文第一作者为浙江大学附属第一医院呼吸内科周华主任和杰毅生物研发部欧阳川博士，通讯作者为浙江大学医学院附属邵逸夫医院副院长、感染科主任俞云松教授和杰毅生物医学部负责人刘超博士。
该研究结果显示，mNGS 检测到的微生物序列数受标本中微生物和人源细胞含量双重影响，而差异化裂解去人源会同时造成某些微生物序列数上升，某些微生物序列数下降，因此不建议对所有标本无差别应用。借助分子内标（spike），mNGS 可实现对标本中人源和病原含量进行定量检测，结合选择性去人源，对 BALF 的诊断阳性率可达 93.04%，对 BALF 的诊断特异性可达 93.33%。
A proof‐of‐concept study of an automated solution for clinical metagenomic next‐generation sequencing
杰毅生物与中山大学孙逸仙纪念医院检验科合作开展的临床宏基因组下一代测序（mNGS）自动化解决方案的性能验证研究取得了重要进展，该研究对基于 NGSmaster 和 PCR-free 的 mNGS 自动化流程的检测性能进行了验证，表明 “样本进、文库出” 的 NGSmaster 自动化流程实现了 mNGS 检测更快、更准、更方便，使 mNGS 检测项目更容易落地到医疗机构进行本地化开展，实现 mNGS 对于危重和免疫功能低下患者感染诊疗的更大价值。该研究首次对 mNGS 自动化流程的性能进行了验证，提出自动化流程对于提升 mNGS 检测时效性、控制外源微生物污染等具有巨大优势，对于实现 mNGS 在医疗机构的本地化开展具有里程碑意义。
Clinical Assessment of the Utility of Metagenomic Next-Generation Sequencing in Pediatric Patients of Hematology Department
杰毅生物与浙江大学医学院附属儿童医院经过长期合作开展的儿童血液病感染患者临床研究取得了重要进展。该研究纳入了 70 例疑似感染的儿童血液病患者，采集外周血、咽拭子、肺泡灌洗液（BALF）等样本类型共 104 例进行 mNGS 检测。该研究中，mNGS 的总体阳性率为 84.62%（88/104），相较传统血培养（5.71%，4/70）存在巨大优势。此外，mNGS 具有不基于培养、无需假设等优点，在面对复杂感染或疑难感染时具有重要诊断价值。该研究证实：1. 当血液科患者处于以下情况时，mNGS 检测可以辅助感染鉴别诊断；2. mNGS 检测可以扩大病原微生物的检测范围，在临床的使用可以辅助疑似感染疾病患者的鉴别诊断，控制和降低经验性抗生素治疗的使用。
Detection of Mitochondrial Mutations Through Isothermal Nucleic Acid Amplification Coupled With Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeat-Associated Endonuclease Cas13a
杰毅生物开创的新型核酸检测技术 CNAD（CRISPR-mediated nucleic acid detection）取得了重大突破，在与浙江大学医学院附属第二医院联合开展的研究中，于非变性条件下成功实现了对人类线粒体基因的恒温扩增和点突变检测。相关研究成果发表于《Frontiers in Genetics》。本研究首次实现了 TMA 对环状 dsDNA 如线粒体 DNA 的扩增，并将 TMA 与 Cas13a 实验结合（CRISPR-mediated nucleic acid detection, CNAD），在恒温非变性条件下实现了线粒体基因的点突变检测。
Pulmonary coinfection of Mycobacterium tuberculosis and Tropheryma whipplei: a case report
结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis, MTB）是结核病的病原体，惠普尔养障体（Tropheryma whipplei, TW）是惠普尔病的病原体。MTB 可与其他病原体合并感染（如 HIV），但 MTB 和 TW 合并感染的临床报道较为罕见。基于创新的 mNGS 检测技术，杰毅生物协助上海中医药大学附属曙光医院完成对一例 MTB 合并 TW 感染的急性呼吸窘迫综合征（ARDS）患者的诊疗。
重要文献摘要
基于宏基因组测序体液标本的快速病原检测
快速准确的病原学诊断对于临床制定感染患者的干预措施至关重要，由于大多数感染的临床表现难以区分，对广泛的、多元化的诊断技术需求非常迫切。有些微生物在培养过程中很难生长，或无法生长。基于聚合酶链式反应 (PCR) 的分子检测需要提前预设，而针对细菌和真菌的 16S 核糖体 RNA 和 28S-ITS PCR 检测的灵敏度仍需研究。
宏基因组测序可以从临床样本中检测几乎所有已知基因序列的病原体，从感染部位的体液中快速识别病原体是至关重要的。基于 Illumina 测序平台的样本到报告的周转时间为 48-72h。相比之下，纳米孔测序可以在开始测序后几分钟内检测到微生物，整体周转时间小于 6h。
本研究旨在通过一种通用建库方案，同时适用于纳米孔测序平台和 Illumina 测序平台，对不同体液中的游离 DNA(cfDNA) 进行 mNGS 测序，测试样本涵盖低细胞含量的脑脊液，以及高宿主 DNA 含量的脓液，用于评估 mNGS 的检测性能（与传统培养和 PCR 检测进行比较）。
临床病例解读
54 岁男子突发 “疯病”，mNGS 揪出致病元凶
今年 54 岁的郝师傅一个月前工作时感觉到全身不适、燥热等症状，但是并没有没有引起他的重视，直到出现了肢体麻木……
男性患者，54 岁，因 “全身不适 1 月余，躁狂伴发热 3 天” 入院。
一月前患者于工作时感全身不适，燥热，未予重视。4 天前患者无明显诱因下出现左侧肢体麻木，自行服用药物后未见明显好转，遂至当地医院就诊。
罕见感染高烧不退，致命元凶究竟是谁？
2020 年 11 月，广州某医院诊断了一例典型的罕见真菌感染的病例，该病例致病菌罕见、死亡率高，病情复杂、凶险。诊疗过程中利用病原宏基因组检测快速鉴定病原，及时调整治疗方案，最终在医院团队合力抢救下，病人一步步化险为夷。
患者，男， 54 岁，因 “颈部疼痛伴活动障碍 11 天” 于 2020-10-26 入住广州某医院外科。
主诉：患者妻子代诉，患者 11 天前因长期卧床后出现颈背部疼痛不适，为持续性胀痛，颈部活动受限，活动时疼痛加重，休息后缓解，无头晕、头痛、无恶心、呕吐、无发热、咳嗽、咳痰、无胸闷及呼吸困难等不适；
病例分享-恙虫病
患者男性，49 岁，农民，绩溪人，既往体健，因 “乏力伴发热 10 天，胸闷闭气 4 天” 入院查因。在多种传统病原诊断技术回报阴性时，采集血液及痰液送检杭州杰毅生物 Q-mNGSTM 检测后，恙虫病立克次体 “原形毕露”，最终明确病原，为患者争取了宝贵的诊疗时间，在家属都要放弃，医生放手一搏，调整治疗方案后，进行精准治疗，挽救了患者生命。
男子咳嗽半年久治不愈，是肺炎还是肺癌？
患者 6 月前无明显诱因出现咳嗽，咳嗽多于清晨出现，伴咳浅黄色痰，痰中带有血丝，伴有轻度胸闷，起初未予重视，1 月前与当死当地医院就诊，胸部 CT 示：左肺上叶占位，考虑肺癌可能性大；气管镜检查未见新生物；行 CT 引导下经皮穿刺术，组织病理：镜检肺泡上皮轻度增生，伴炎细胞浸润。纤支镜刷片未见明显恶性依据。予抗感染、祛痰（具体不详）等治疗后咳痰较前稍减少。2 天前来我院（徐州医科大学附属医院）门诊就诊，行胸部增强 CT 检查示：左肺上叶中央型肺癌伴阻塞性炎症、不张及纵隔淋巴结转移可能性大，现患者为求进一步诊治，门诊以 “肺部阴影待查” 收住院，病程中患者昨日晚间发热 1 次，最高 38.5℃，无盗汗，乏力，消瘦，无胸痛，无皮疹、关节肿痛、光过敏。目前患者精神、食欲、睡眠尚可，大小便如常，体重无明显减轻。
识 “菌” 寻踪，mNGS 揭开男子不明发热真相！
患者 3 天前无明显诱因下出现发热，体温最高为 39.1℃，高峰多在傍晚出现，体温升高时出现头痛，伴有畏寒，有咳嗽，日间明显，自觉乏力、食纳下降，无咳痰，无痰血、咯血，无寒战，无午后低热、盗汗，无头晕，无胸闷、胸痛，无恶心、呕吐，无腹痛、腹泻，无尿频、尿急、尿痛，无双下肢水肿，全身无皮疹发出。
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